Đan viện Fontenay bao gồm một nhà thờ được xây dựng trong khoảng thời gian từ 1127 đến 1150 dài 66 mét, rộng 8 mét trong đó cánh ngang dài 19 mét và gian giữa rộng 8 mét. Bên trong nhà thờ có đặt một tượng Đức Mẹ đồng trinh và Chúa hài đồng (Vierge à l'enfant) có niên đại từ thế kỉ 12. Bức tượng này trước đó bị đặt ngoài trời ở nghĩa trang Touillon (nằm bên cạnh nhà thờ).

Phần đan viện của Fontenay có kích thước 36 x 38 mét với 4 gian. Bên cạnh phần đan viện còn có gian phòng của hội đồng đan tu (salle capitulaire), gian của các đan tu (salle des moines), nhà ngủ (dortoir) và phần xưởng. Đây là những phần được phép tham quan của Fontenay. Bên cạnh các phần được phép tham quan, Fontenay còn có các phần đóng bị đóng cửa như bệnh xá, nhà gác hay galerie Seguin.